Analysis Report

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name: analysis-report
description: 生成图文并茂的分析报告/实验报告/质检报告（固定模版）。当用户要求"生成报告/总结报告/实验报告/质检报告/QC报告"，或分析流程收尾需要交付报告时使用。报告必须基于真实分析输出，包含固定章节结构、关键指标表格和真实结果图。
tags: [report, qc, summary, 报告, 实验报告, 质检报告, 图文并茂]
triggers: ["生成报告", "总结报告", "实验报告", "质检报告", "QC报告", "分析报告", "report"]
used_with: [lsf-ncpgr, lsf-memory-scaling]
solves: ["分析报告生成", "实验报告生成", "质控报告生成", "流程收尾交付"]
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# 分析报告生成规范（固定模版 · 图文并茂）

## 硬性要求

1. **数据必须真实**：报告中的每个数字、每张图都必须来自真实的输出文件（日志、QC 输出、统计结果）。先 `cat`/`head` 读取真实结果再写报告。禁止编造或"合理推测"数值。
2. **图必须真实存在**：引用的每张图先用 `ls -l` 确认存在，使用**绝对路径**引用。
3. **报告写完必须自查**：逐项核对模版章节是否齐全、图表路径是否存在。

## 产出约定

- 目录：`reports/<任务名>-<YYYYMMDD>/`
- 交付两个文件：`report.html`（自包含，图片 base64 内嵌，可直接发给用户/浏览器打开）和 `report.md`（同内容 markdown 源）
- 关键原图复制到报告目录 `figures/` 子目录（`cp`，不移动原文件）
- 完成后在回复中给出：报告文件绝对路径 + 2~4 张关键图的绝对路径（前端会渲染成图片卡片）

## 固定模版（章节顺序不得更改）

### 1. 标题与概要
- 报告标题、分析类型、生成日期、执行人（当前用户名）、集群与队列
- 一段话说清：对什么数据做了什么分析、结论一句话

### 2. 样本与输入
| 项目 | 内容 |
|------|------|
| 样本/数据 | 名称、路径、文件数、总大小（真实 `ls`/`du` 结果） |
| 参考基因组/数据库 | 名称、版本、路径或来源 |
| 软件环境 | 关键软件及版本（`module list` 或 `--version` 真实输出） |

### 3. 分析流程与方法
- 步骤列表：每步命令要点 + 作业 ID（若有）+ 状态（DONE/EXIT 以 bjobs 真实结果为准）
- 资源使用：节点数、队列、运行时长（bacct/bjobs 真实数据）

### 4. 质控指标（QC 报告此项为核心）
用表格呈现真实 QC 输出，例如：
| 指标 | 结果 | 判定 |
|------|------|------|
| 总 reads 数 | （真实值） | ✅/⚠️/❌ |
| Q30 比例 | （真实值） | ✅/⚠️/❌ |
| GC 含量 | （真实值） | ✅/⚠️/❌ |
| 比对率 | （真实值） | ✅/⚠️/❌ |
判定阈值在表格下注明出处（如 FastQC 常规标准）。

### 5. 关键结果（图文并茂）
- 每个结果小节：一段文字结论 + 紧跟对应的图（绝对路径）
- 图的来源：分析工具直接产出的图（FastQC html 中的 png、MultiQC 图、peak 图、表达热图等）优先；没有现成图时，用真实数据生成（如 R/Python 画图），同样给路径

### 6. 问题与建议
- 分析中出现的警告/失败步骤及处理（如实写）
- 对后续分析的建议（如需要扩大节点数、换队列、补测等）

### 7. 附录
- 输出文件清单（`find <结果目录> -type f` 真实列表，标注大小）
- 关键日志路径
- 报告生成时间

## HTML 报告样式要求

- 自包含单个 `.html`：内联 CSS（无需网络）、图片 base64 内嵌（`base64 -w0 <图>`）
- 表格有边框和表头底色；✅/⚠️/❌ 用颜色区分
- 章节编号与模版一致，不要自由发挥新结构

## 禁止事项

- 禁止编造数值、图片或"示例"结果
- 禁止引用不存在的文件路径
- 禁止把报告写成纯文字流水账而没有表格和图
- 路径、目录名、文件名必须逐字原样引用，禁止翻译或改写（如 `04_results/03_align` 不得写成「结果目录/比对」）